Nevrologiya (neyrofəlsəfə) materialist fəlsəfə üzərində qurulur və burada beyin ilə yanaşı müstəqil mövcud olan mental varlıq (psixika) mövcud deyildir. Mental “varlıq” sadəcə olaraq beynin bir funksiyasıdır. İndi nevrologiyanı bu kontekstdə maraqlandıran əsas sual belədir: beynin strukturu ilə onun mental funksiyası arasındakı qarşılıqlı əlaqənin tam xəritəsini yaratmaq mümkündürmü? Başqa sözlə, bu selektiv struktur-funksional xəritə (uyğunluq) adlanır, mental sistemdə cərəyan edən mental proseslər ilə beynin strukturu arasında tam assosiasiya yaratmaq mümkündürmü?

Sonuncu qoyulan suallar əslində lap əvvəldə səsləndirilən suala verilən neqativ cavabdır: beyinin strukturu ilə onun mental (psixi) funksiyası arasındakı qarşılıqlı əlaqənin tam assosiativ mənzərəsini (“xəritəsini”) yaratmaq mümkün olmayıb. Əgər mümkün olsaydı, onda nevrologiya özünəməxsus koqnitiv ontologiyanı formalaşdıra bilər. Nevrologiyanın indiyəqədər əldə etdiyi nailiyyətlər hələ ki, koqnitiv ontologiyanın bəzi tərəflərinin, selektiv struktur-funksional assosiativ xəritənin bəzi fraqmentlərinin müəyyən edilməsi ilə məhdudlaşır.

Koqnitiv ontologiyanın müəyyən edilmiş bəzi tərəfləri və ya selektiv struktur-funksional assosiativ xəritənin bəzi fraqmentləri hansılardır?

Məsələn, amiqdalanın “qorxu sahəsi” (beynin strukturunda qorxu hissi ilə bağlı cərəyan edən mental proseslərin başlanğıc götürməsini təyin edən sahə) olduğu məlumdur. Eyni şəkildə, anterior cingulate “konflikt sahəsi” olaraq təyin edilib. Mental sistemin bəzi fraqmentləri, məsələn, valideyn sevgisi (öz övladını digərlərində ayırıb ona valideyn sevgisini bəxş etmə) beynin strukturunda bir neçə sahə – amygdala, insula, anterior cingulate, superior temporal gyrus tərəfindən təyin edilir. Beyinin strukturu ilə mental sistem arasında indiyədək müəyyən edilmiş bu qəbildən olan assosiasiyaların sayı onlarladır, bəlkə də yüzlərlədir. Amma istənilən halda  beyinin strukturu ilə onun mental (psixi) funksiyası arasındakı qarşılıqlı əlaqənin tam assosiativ mənzərəsini (“xəritəsini”) yaratmaq mümkün olmayıb. Bütün bunlar hələ ki, həmin xəritənin fraqmentar hissələridir.

Bu qəbildən olan tam xəritənin (koqnitiv ontologiyanın) formalaşması zamanı hansı çətinliklər ilə üzləşirik:

1) Koqnitiv ontologiyanın indiyədək təyin edilmiş tərəflərinin və ya formalaşdırılması nəzərdə tutulan bu ontologiyanın özünün səhv ola bilməsi ehtimalı mövcuddur. Məsələn, beyinin strukturu ilə onun working memory funksiyası arasında assoasiyanın müəyyənləşdirilməsinə çalışarkən ümumiyyətlə, working memory funksiyasının mövcud olmaması ehtimalı yaranır. Ola bilər ki, working memory əslində beyinin digər bir neçə funksiyasının kombinasiyasından ibarətdir və əslində sistemin ən alt səviyyəsində mövcud deyil.

2) Ola bilsin ki, koqnitiv ontologiyanın düzgündür, amma laboratoriyada eksperimental şəraitdə tədqiq olunması nəzərdə tutulan  ilkin (basic) əməliyyatların digər əməliyyatlardan seçilib ayrılması yanlışdır. Məsələn, icra edilən hər hansı bir mental əməliyyat (riyazi əməliyyatlar icra etmək, müəyyən bir fraqmenti izləmək və s.) ilə həmin əməliyyatın əlaqələndirildiyi mental proses arasında əlaqə düzgün təyin edilmir. Məlum olduğu kimi, laboratoriyada eksperimental şəraitdə heç bir mental hadisə bilavasitə müşahidə edilmir, çünki fiziki sistemlərdən fərqli olaraq mental sistemlər belə şəraitdə bilavasitə müşahidə edilməyə imkan verən heç bir xassəyə (məsələn, kütlə, forma, rəng və s.) malik deyil.  Mental sistemlər daha çox eksperimental şəraitdə öyrənilən mental əməliyyatlardan toplanan faktlar üzərində elmi metodlar və məntiqi arqumentasiya vasitəsilə formalaşan “simvolik” bir sistemdir. Əgər sonuncu hissədə xətaya yol verilərsə, alınan son nəticə reallığı əks etdirməyəcək.

3) Ola bilər ki, beyinin mental funksiyası ilə onun strukturu arasında assosiasiyanın aşkarlanması yolu ilə tam koqnitiv ontologiyanı formalaşdırmaq mümkün deyil, çünki sistem-struktur baxımından yanaşma yanlışdır. Belə ki, funksiya sistemin struktutundan deyil, onun təyin edilən səviyyələrindən asılı ola bilər – sistemin bəzi atributları alt sistemlərdə deyil, üst sistemlərdə müşahidə edilir. Elmdə və fəlsəfədə bu emergent atributlar adlanır. Məsələn, həm H, həm də O atomları “alovlandırıcı” atributa malik olsalar da üst sistem olan H_2 O (su) molekulunda tam əks “söndürücü” atribut meydana çıxır.